Como sabemos Unity sustituye el tradicional Panel de Gnome 2 y muchas veces, la mayoría, no se lleva con nuestros themes cuando éste requiere un panel oscuro.
Es el caso, de entre otros themes, Orta.
Gracias al trabajo de ceduardo.melo de Ubuntu forums la solución nos es bastante sencilla, tan sólo descargar el archivo modificado, descomprimir y reemplazar el original que se encuentra en /usr/share/themes/Orta/gtk-2.0/Styles/Panel.
Soft-Libre 
Me vas a mandar al orto, pero no puedo evitar decirlo:
Otro parche más para Unity, y para usar un simple tema…
Y la solución no es tan sencilla: hay que descargar un archivo y, saber dónde colocarlo.
Mucho más sencillo es instalar un tema y que simplemente funcione en tu entorno.
Cada detallito de estos confirma que Unity nació prematuramente.
Lo que no quiere decir que algún día sea un entorno bien pulido. Pero ¿qué día? Ah.
Nope, no es un parche para Unity; es un bugfix no oficial, por ahora, para Orta Theme. Son cosas bastante distintas. Así como los themes se adaptan a Gtk +3, este archivo arregla un error de Orta cuando funciona con Unity,